绩效审计作为现代内部审计的重要标志和组成部分，日益受到组织管理层、监管方及其他利益相关方的重视，成为内部审计机构开展的主要业务类型之一。因此，现阶段开展绩效审计工作除常规审计方法外，应侧重将结果导向、问题导向和过程导向三种方式结合起来，灵活运用，并围绕审计目标，遵循可控性原则，找准关键指标。
方法模式
绩效审计可以同时对组织经营管理活动的经济性、效率性和效果性进行审查和评价，也可以只侧重三者中的某一方面进行审查和评价。在经济性、效率性和效果性三者的关系中，效果性是具有决定意义的。只有在预期结果基本实现的前提下，才能评价经济性和效率性。因此，绩效审计的结论通常是以评价效果实现程度为主导，所采用的审计方法模式被称为结果导向型审计。
但审计实践中，往往存在目标结果并不具体，效果性的评价标准尚不完善等情况，有些审计人员由此认为绩效审计无从着手，出现裹足不前的局面。为有效克服这一困难，绩效审计实务应将结果导向型、问题导向型和过程导向型三种模式结合起来，灵活运用。
结果导向型审计关注“审计对象的效益如何或者取得了什么结果，有关目标和要求是否达到”。在这种模式下，审计人员检查审计对象的业绩，并将检查结果与审计评价标准进行对比，进而查找两者差异的原因，针对原因提出审计建议。对此，应预先确定一套客观、可操作的评价标准，以便于比较差异。
问题导向型审计重点关注问题的确认和分析，将缺点和问题（或存在问题的迹象）作为审计的起点而不是审计的结束。审计的主要任务是核对问题的存在性，并分析问题产生的原因和对效益实现的影响，提出改正问题的建议。
过程导向型审计则认为良好的运作过程一般会导致好的结果，决策的过程是否合理、合法是影响决策成败的关键。这种方法往往将内部控制设计合理并执行到位，作为组织预期目标实现的前提和保障，重点通过关注决策过程的规范性，决策执行的经济性和效率性，发现和确认制度设计的主要缺陷，并进一步确认问题的原因和对预期结果的影响，提出完善制度的建议。
问题导向型和过程导向型审计，淡化了对结果导向型审计评价标准的要求，更多地关注存在的问题和制度缺陷。当前，我国各行业、领域科学的绩效评价标准体系尚未全面建立，财政财务活动中违纪违规问题仍然比较突出，制度缺陷或管理不善的问题仍普遍存在，绩效审计可以有效地采用问题导向和过程导向的方法模式。在分析制度缺陷及存在问题的原因时，除了关注直接原因，还要剖析深层次原因，从体制、机制、制度、管理和技术等层面挖掘问题产生的根源，针对根本原因提出有效解决问题的建议。
指标设计
在绩效审计中，审计人员常常利用绩效评价指标来帮助自己进行判断和找出问题原因。因此，绩效评价指标是绩效审计的工具之一。为确保绩效评价指标的设计科学合理，审计人员应把握好以下几点：
一是紧紧围绕审计目标，不可千篇一律。通常情况下，一项绩效指标只能反映绩效的某个侧面，为使绩效审计结论全面客观，审计人员往往需要选用多个绩效指标，建立指标体系，从不同角度或侧面对审计对象和事项进行综合评价。近年来，为强化激励与约束机制，加强对国有资本运营及公共部门职责履行的监管，财政部、国资委等部门相继出台相关政策、制度，对国有企业、公共部门预算支出等领域开展绩效考评，设计了综合的绩效评价指标体系。审计人员开展绩效审计时，可以借鉴这些评价指标，但切不可简单照搬、千篇一律地套用。绩效评价指标的选取应从审计对象实际出发，围绕审计目标，紧扣审计主题。审计实务中，应防止试图建立标准模版式的评价指标体系，还应防止过分夸大全面复杂的量化指标在绩效审计评价中的作用。
二是找准关键指标，突出绩效审计重点。反映审计对象某一方面绩效的指标很多，因审计资源有限，不可能对所有绩效指标一一做出评价。审计人员应针对审计对象的性质和特征，选择有代表性的指标，将最能突出反映审计对象履行经营和管理责任的指标作为关键指标，其他指标作为辅助性指标。审计实务中切忌评价指标众多，既耗费大量的审计资源、降低审计效率，又可能导致评价偏离主题，本末倒置，影响审计结论的有效性。
三是遵循可控性原则，确保评价客观。绩效评价指标所衡量、评价的经营管理活动及其结果应属审计对象职责范围之内，由其全部或部分负责，且所评价的过程和领域是可以通过其主观努力而改变的，应排除审计对象不可控的因素。比如，评价企业原材料利用的经济效益时，应当以材料单耗、材料利用率等指标进行评价，而不能将单位产品材料成本作为评价指标，因为材料成本的购入价格是用料者无法控制的因素。